A través de cine, video, instalación, fotografía, grabado, publicaciones y textiles, la práctica de Khalili explora las continuidades imperiales y coloniales, particularmente aquellas que se manifiestan en fenómenos contemporáneos como la migración irregular, así como en la memoria de las luchas anticoloniales y las redes de solidaridad internacional. Profundamente influenciada por el legado de las vanguardias surgidas tras las independencias nacionales y por las tradiciones vernáculas de su Marruecos natal, Khalili desarrolla estrategias narrativas situadas en la intersección entre la historia y las memorias silenciadas. Su trabajo investiga cuestiones de autorrepresentación, autonomía y formas de resistencia de comunidades que han sido invisibilizadas por el modelo del Estado-nación.
La obra de Khalili ha sido objeto de numerosas exposiciones individuales internacionales, entre ellas en el Louisiana Museum of Modern Art (2025); Luma Westbau (2025); Sharjah Art Foundation (2024); EMST (2024); Moderna Museet (2024); Fondation Luma (2023); MACBA (2015, 2023); FFT Düsseldorf (2022); Bildmuseet (2021); Oslo Kunstforening y Fotogalleriet (2020); el Museum of Fine Arts, Boston (2019); Museum Folkwang (2018); Jeu de Paume (2018); Secession (2018); MAXXI (2018); CAAC (2017); Wexner Center for the Arts (2017); Museum of Modern Art (2016); Palais de Tokyo (2015); y el Pérez Art Museum Miami (2013).
Su trabajo también ha sido incluido en importantes exposiciones colectivas internacionales, como la Bienal de Venecia; la Sharjah Biennial; Dream City; la 2nd Lahore Biennial; la 12th Bamako Biennial; BienalSur; Documenta 14; la Milan Triennale; La Triennale; y la 18th Biennale of Sydney.
Asimismo, ha participado en numerosas exposiciones colectivas en instituciones internacionales como el San José Museum of Art (2024); la 3rd Thailand Biennial; Kunsthaus Graz (2023); Centre Pompidou (2018, 2020, 2023); Kadist (2023); IVAM (2023); Kunsthaus Zürich (2015, 2023); Fondazione Sandretto Re Rebaudengo (2021); Hammer Museum (2021); Contemporary Art Museum St. Louis (2021); Art Sonje Center (2020); Kunsthal Charlottenborg (2019); National Museum Cardiff (2018); Museum of Contemporary Art Australia (2016); Van Abbemuseum (2014); New Museum (2014); Carré d’Art (2013); Tropenmuseum (2013); Haus der Kulturen der Welt (2010, 2013); Hayward Gallery (2012); South London Gallery (2012); Cité Nationale de l’Histoire de l’Immigration (2012); Beirut Art Center (2011); Fundação Calouste Gulbenkian (2011); y el Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía (2008).
En 2023 recibió el Sharjah Biennial Prize. También ha sido distinguida con el Terry Riley Humanitarian Award; la beca del Harvard Radcliffe Institute; el Ibsen Award; el Abraaj Art Prize; el SAM Art Prize; la residencia DAAD Artists-in-Berlin Program (2012); y la beca del Vera List Center for Art and Politics (2011–2013).
Actualmente es profesora y directora del Departamento de Estrategias Artísticas de la University of Applied Arts Vienna, y miembro fundadora de La Cinémathèque de Tanger, una organización sin ánimo de lucro gestionada por artistas dedicada a promover y desarrollar la cultura cinematográfica en el norte de Marruecos.